Nei locali cinquecenteschi attigui alla Basilica e sovrastanti la Sacrestia Capitolare è allestito un piccolo ma prezioso Museo, che raccoglie arredi e dipinti provenienti dalle cappelle domolite durante i restauri realizzati nel 1915-30, e altri appartenenti al tesoro della chiesa stessa.

Si segnalano dunque due dossali, entrambi attribuiti al Maestro del dossale di Sant’Antonino, di cui uno databile al 1425-30 rappresenta otto Episodi della vita di Sant’Antonino, il secondo risalente alla metà del secolo XV raffigura Dio Padre benedicente con la colomba dello Spirito Santo tra sei profeti.

Un terzo dossale, poco più tardo (1470-1480), attribuito ad un non meglio identificato Pittore piacentino, presenta al centro una Crocefissione -che risulta però frammentaria- affiancata da Sant’Agostino, San Gerolamo, San Gregorio e Sant’Ambrogio.

Particolarmente ineressanti poi un Sant’Antonino di scuola lombarda della fine del XV secolo e una Natività di Maria attribuita a Giulio Cesare Procaccini. Si conservano inoltre una Incoronazione della Vergine di Giovanni Battista Trotti detto il Malosso e due bozzetti di Robert de Longe riferibili alle tele del medesimo artista con storie di Sant’Antonino realizzate per il presbiterio, ed in particolare: il Ritrovamento del corpo di Sant’Antonino e il Ritrovamento della testa del Santo. Il museo contiene poi varie suppellettili sacre quali calici, reliquiari, ostensori d’argento (XV-XIX sec.) e un Crocifisso ligneo attribuito a Francesco Mochi (XVII secolo). Si segnala inoltre una brandazza assegnabile al XVII secolo anticamente utilizzata nelle processioni del Corpus Domini.

Il museo ospita inoltre rarissimi esemplari di codici miniati, pergamene e incunaboli, in parte conservati presso l’Archivio della chiesa stessa, il più antico della città, con documenti risalenti al secolo VII.